水处理集装箱的应用改写了人们对集装箱应用的固有印象。目前，许多流行的水处理集装箱已应用于生产和运输，如运输冷冻食品、运输特种货物、装卸严重货物等。
与台式集装箱相比，一些水处理集装箱简化了规划结构，只保留了底板，可用于装卸严重货物。例如，严重的机械设备、严重的钢材等。由于这些严重的货物的长度、宽度和高度都很大，因此需要特殊的集装箱平台结构来包容装卸。
水处理集装箱是一种特殊的集装箱类型，通常是专门为了满足特定的功能而制造的。例如，用于运输冷冻食品的水处理集装箱的内部结构相当于低温冰箱。许多人也称之为冷藏集装箱。它配备了隔热装置，并有专门的通风口运输空调，以确保鱼、虾、肉和新鲜水果在长途运输中仍然新鲜。