纯水系统防止RO运行时高压泵的突然启停升压，产生对RO膜元件的高压冲击，形成水锤破坏RO膜。
纯水系统软化器是钠离子交换器的俗称，它可把水中的钙、镁离子交换除去，使成为对应的钠盐。水中含有钡、锶等离子时，也可以经过钠离子交换脱除。因此下列情况可以对水进行软化处理，以免除结水垢的困扰。在水处理系统中原来配置有软化器时，应尽量利用它作为潜质过滤和软化防垢。a.用软化水作为反渗透作进水可是进水的浊度和污染指数达标，防止钙镁结垢。b.也可设置微滤装置。
纯水系统纯水系统中常加的药剂为NaHSO3和阻垢剂，一般NaHSO3加药浓度为3ppm，阻垢剂如果没有经过设计软件计算，一般也以3ppm为宜。