新修订的“食品包装许可证品种明细表“的变动并不大，影响深的当属特殊食品。；特殊医学用途婴儿配方食品中增加了婴儿营养补充剂；特殊膳食食品中新增了运动营养补充品及孕妇及乳母营养补充食品。
自2004年1月1日起，食品包装许可证我国首先在大米、食用植物油、小麦粉、酱油和醋五类食品行业中实行食品质量安全市场准入制度，对第二批十类食品肉制品、乳制品、方便食品、速冻食品、膨化食品、调味品、饮料、饼干、罐头实行市场准入制度。国家质检总局将用3～5年时间，对全部28类食品实行市场准入制度。
随着我国市场的逐渐规范，自2002年7月开始，原国家质检总局首先在对小麦粉、大米、食用植物油、酱油、食醋这五类产品正式实施“QS“市场准入制度，食品包装许可证随后产品的覆盖范围逐渐增加。2005年9月1日原国家质检总局颁布了《食品生产加工企业质量安全监督管理实施细则（试行）》，决定2006年底前启动28大类525种食品中剩余的155种食品的市场准入工作。食品生产许可证是一种食品质量安全市场准入标志，没有该标志的产品也意味着不能上市销售。