肠镜维修应双手把持镜身，导光接头部远离弯曲部。 操作和安装时应尽量避免软管受力弯折、盘圈拉扯，折绕直径不能小于 12cm，以免造成内部管道和线路的折损。
常见有气、水管路堵塞，或似堵非堵，而不畅通，应按原理分别进行检查。一般常见的有水、气同时不通，肠镜维修时可用细钢丝边通边送气，然后用送水的方法排除故障。但须注意，通后还要压扁喷嘴。
不同型号的肠镜维修不同，弯曲角度的大小和方向也不相同，新出厂的镜子，均已按要求调好，当使用一个阶设，由于钢丝的伸长而使角度变小，造成诊断上的盲区，当术者感到不便而强行操作时，会拉断钢丝或使焊接点脱焊。这是个常见的故障。