肠镜维修时导光接头不能在主机开启时拔出或插入， 电子接点在不完全对准时不能进行旋转，易导致 CCD 损坏。
常见有气、水管路堵塞，或似堵非堵，而不畅通，应按原理分别进行检查。一般常见的有水、气同时不通，肠镜维修时可用细钢丝边通边送气，然后用送水的方法排除故障。但须注意，通后还要压扁喷嘴。
不同型号的肠镜维修不同，弯曲角度的大小和方向也不相同，新出厂的镜子，均已按要求调好，当使用一个阶设，由于钢丝的伸长而使角度变小，造成诊断上的盲区，当术者感到不便而强行操作时，会拉断钢丝或使焊接点脱焊。这是个常见的故障。