MBR膜运行时的活性污泥浓度为6000-10000mg/L(1)过高的污泥浓度会引起抽吸压力上升;微生物的自身降解率也会下降，而使出水水质变差，因此必须控制好污泥浓度在上限以下运行。(2)由于曝气量较大、膜的截留作用，膜生物反应池中的好氧微生物可保持在较高的浓度，利于有机物的降解。污泥浓度可保持在6000-10000 mg/L 的范围内。(3)过低的污泥浓度会使加快水中污染物对膜元件的污染速度;活性污泥浓度小于3000 mg/L时，可利用下列方法运行。①在较低的抽吸流量下运行，一般为正常运行的30%-40%。②停止抽吸，对污水进行间歇曝气，连续性少量进水，逐步提高污泥浓度。③实行闷曝:对泥水混合液进行曝气，停止进出水，补充营养液。
MBR膜膜元件取出清洗后，应及时放入反应池中或用清水浸泡储存，避免阳光直晒和膜表面干燥。清洗周期:一般在6 个月要体外清洗一次。
MBR膜上发生了污染，就会使抽吸压力上升，如果不采取措施继续运行会使产水量下跌，因此必须进行清洗使膜性能恢复。清洗周期:一般1个月要在线清洗一次。2) 酸洗: 配制1000mg/L 草酸溶液，在线清洗，水量同上，浸泡1小时。2 物理清洗当在线化学清洗无法解决问题时，需要将膜元件从组件取出，放在平整的地面或干净容器中，用压力水柱冲洗膜表面。
