清洁生产的流程评估阶段编制审核重点的生产工艺流程图，详细标示出工艺系统的物料出入、产出产品、副产品、废水、废气、废渣、残液取向等等关系图。建立物料输入表、物料输出表、生产用水情况，废水、 废气、 固体废弃物排放情况汇总，建立物料平衡涂料和主要污染因子平衡图，分析污染物产生原因，为指导清洁生产方案提供科学的依据。
清洁生产的流程分为七个阶段：筹划和组织、预审核、审核、方案的产生和筛选、可行性分析、方案实施和持续清洁生产。
清洁生产的流程在方案筛选过程中，对于投资少的无/低费方案继续实施。并与末端治理效果表进行列表比较，同时向职工宣传实施效果，调动广大员工参与清洁生产的积极性。至此，我们还要编报清洁生产方案的中期报告。