益生菌粉代加工工厂有时间的话，可以到现场考察，如果没有时间，可以要工厂提供营业执照和生产许可证等，然后看样品和报价，选择适合自己的。
选择与信誉良好的益生菌粉代加工合作，因为这样的工厂可以得到客户的信任，产品基本上是没有问题。
在选择厂家进行益生菌粉代加工时，要注意供方经需方认定批量供货的产品，不得随意更改设计、工艺、主要技术参数及外形尺寸等。若确需要更改时，必须先通知需方，并提供相应的供方本厂或第三方机构的检验报告及样品等资料交需方确认，经需方认定合格后，方可进行供货，否则造成的一切损失全部由供方承担。