深圳冷库管理系统支持多种计费方式，可按零仓计费也可按包仓计费。其中零仓计费支持按吨、按板、按件等多种方式计费，包仓计费支持按天、按月等多种周期计费。同时也支持自定义收费如增值服务费等，可自定义收费标准。费用自动实时计算，随时可以结转，并生成相应的费用清单和结算报表，便于收款。
深圳冷库管理系统标领智能冷库管理系统，又可称为冷库租赁管理系统，是一套为冷库租赁企业或其他第三方冷库企业、第三方冷链物流公司、中央厨房等研发的仓储管理计费系统。通过这个系统可以细化冷库仓储的管理，减少人工犯错的几率，提升仓储作业的效率与准确性，还能快速准确地计算冷藏存储的费用，并生成各种可视化图表与其他业务报表，满足冷库企业的管理需求。
深圳冷库管理系统具有策略功能，通过灵活设置出入库策略，可以实现智能出入库：如设置了先进先出的出库策略，在出库时，系统就会优先建议人员对先入库的商品进行出库操作，并显示该商品的所在位置；如设置了按ABC分类的上架策略，而在入库上架时，系统就会按照ABC分类原则，给出合适的上架库位建议。除此以外，考虑到租赁型冷库和第三方冷库的服务性，深圳冷库管理系统还实现了货主预约出入库功能。冷库的货主只需登录自己的系统账号进行出入库预约即可减少出入库等待时间。