支气管镜采用2%碱性戊i二醛浸泡消毒或者灭菌时，应当将清洗擦干后的内镜置于消毒槽并全部浸没消毒液中，各孔道灌满消毒液，按规定时间浸泡。非全浸式内镜的操作部，必须用清水擦拭后再用75%乙醇擦拭消毒。采用其他消毒剂、自动清洗消毒器械或者其他消毒器械时。软式内镜采用化学消毒剂进行消毒或者灭菌时，应当按照说明进行，并进行化学监测和生物学监测。
如果能及时发现支气管镜漏水，及早进行维修，能够避免镜身内大量进水，将腐蚀性液体对内部配件造成的损害降低，减少维修成本。
支气管镜使用完毕后应冲洗干净，防止送气、送水、钳子通道的堵塞。