非标集装箱也可用于运输特殊货物，如化学品和葡萄酒制品。在过去，人们通常用罐装载这些特殊货物，但随着集装箱加工技能的提高，集装箱形成一般罐和结构两部分结构，集装箱外壁采用保湿数据，内壁抛光，使非标集装箱也能完成罐的输入输出功能。
定制非标集装箱具有基本的防腐、防水、防火能力，其材料重量轻，提供更方便的运输和处理，采用拼接安装结构，可将标准部件运至现场安装，组装过程不需要设备，是劳动力成本节约。
非标集装箱的应用改写了人们对集装箱应用的固有印象。目前，许多流行的非标集装箱已应用于生产和运输，如运输冷冻食品、运输特种货物、装卸严重货物等。