深孔加工刀具与机床的匹配，都会想到的是外形与尺寸的匹配。的确，外形和尺寸的匹配是刀具在机床上能够正确安装的基础。没有这个基础，深孔加工刀具无法被正确地安装在机床上。
深孔加工刀具外径尺寸设计值偏大或铰切削刃口有毛刺；切削速度过高；进给量不当或加工余量过大就会导致铰刀主偏角过大；铰刀弯曲；铰切削刃口上粘附着切屑瘤；刃磨时铰切削刃口摆差超差；切削液选择不合适；深孔加工刀具安装铰刀时锥柄表面油污未擦干净或锥面有磕碰伤；锥柄的扁尾偏位装入机床主轴后锥柄圆锥干涉；主轴弯曲或主轴轴承过松或损坏；铰刀浮动不灵活；与工件不同轴以及手铰孔时两手用力不均匀，使铰刀左右晃动。
使用深孔加工刀具进行钻孔和扩孔时，冷却润滑液在没有采用特殊装置的情况下，很难输入到切削区，这就使深孔加工刀具耐用度降低，而且排屑也就很困难。