三轴桩机对于以埋设护筒未开钻或成桩护筒未拔除的应加设护筒顶盖或铺设安全网遮罩；泥浆池应设明显警示标志和防护栏杆，桩基施工完成后，及时清理泥浆防止污染环境，并回填泥浆池。
三轴桩机进入施工现场的员工必须正规佩戴安全帽，禁止穿拖鞋或者光脚，在进行高空作业时2m以上（包括2m）必须系安全带，进行钢筋焊接时应遵守电焊作业安全操作规程，遇大风大雾天气应停止作业，当风速超过七级或有强台风警报时，应将桩机顺风向停置，并加设揽风绳，必要时将桩机放倒地面，桩机周围5米内应无高压线。与现场输出线路间的距离也应符合有关安全规定。
三轴桩机钻孔过程中，必须设有专人，按规定指标保持孔内水位的高度及泥浆的稠度，以防塌孔，钻孔使用的泥浆应设置泥浆循环净化系统，防止对环境的污染。