中型速冻冷库对温度的要求较严格，一般海鲜适合保存的温度在-25℃左右，而且要稳定在这个温度，温度的突然变化就有可能导致海鲜腐烂变质，因为所有海鲜都是在一个密封的环境当中，如果发现不及时的话，一个变质的海鲜就可能影响整个冷库海鲜的质量，所以说温度的管理对海鲜冷库来说十分重要。
我国对于中型速冻冷库通常采用的蒸发温度。蒸发温度与库房温度之差一般为10℃，鲜肉速冻冷库的蒸发温度一般设计为-10~10℃左右，冷藏库为-28℃，冻结库为-33℃，而实际运行中，许多鲜肉速冻冷库的温差在15℃左右，而欧洲等经济发达国家，蒸发温度与库房温度之差一般为3~5℃。
中型速冻冷库温度控制系统：大型海鲜冷库一般采用PLC编程控制，可以按自己的要求设定温度和湿度等等；小型海鲜冷库一般采用微电脑自动控制系统，该系统操作简单，控制方便，还可以配上短信提醒，随时随地观察冷库内部温度，保证被贮藏海鲜的安全。