古籍档案整理的内容主要包括对档案文件的内容真伪的鉴别，对档案内容客观性的考证及编纂出版档案史料等活动。档案实体整理，主要是将零散的和需要进一步条理化的文件或档案，进行基本的分类、组合、排列、编目，组成有序的档案整体的工作过程。通常所说的档案整理，主要指档案的实体整理。
“古籍档案整理的基本要求 归档材料应当齐全、完整、优化 齐全是指门类齐全，不论是内容还是载体 完整是指归档的材料要完整、不缺损 优化是指仅在数量充分的基础上要求质量优化，具有特色 加强档案调查和指导 保持全宗不可分散性 加强档案工作的标准化“
古籍档案整理的具体步骤分为七步：一步是收集，整理人需要将所有文件收集起来。第二步是筛选，整理人需要将收集的文件按照章程进行一定的筛选。第三步是划分文件的类别和级别，第四步是确定文件的保管期限，第五步是修缮文件的内容，整理人需要根据章程修缮文件缺失的内容。第六步是给文件编号，第七步则是将文件装盒并且编制检索的目录。