第三方冷库管理系统免费的冷库管理软件内存小，功能简单。但弊端也挺明显的：免费的冷库管理软件，通常不会有技术团队去维护，在使用过程中，如果出现什么BUG，导致数据录入错误，很难找得到解决办法，不仅影响工作的效率，还会因为一些肉眼难以发现的错误，导致经济损失。另外，如果免费版冷库管理软件是联网的，还会存在数据安全隐患，给企业带来风险。 与免费的冷库管理软件不同，付费版的冷库管理软件有着强大完善的功能，每个功能模块的分支都能适用于冷库作业，能够满足冷库企业绝大部分的需求；而且付费版的冷库管理软件的数据准确率也非常高，通常都是通过扫描录入，出错率低，还能智能计费，生成多种数据报表；付费版的冷库管理软件还支持与企业其他如SAP等系统的对接，能够集成多个外部系统，提升企业的综合管理水平。此外，付费版的冷库管理软件背后通常都会有技术团队维护，出现问题可以及时解决，如果冷库企业有二次开发的需求，也可以满足。
第三方冷库管理系统主要由计算机软件系统和硬件设备组成。软件系统的主要功能包括出货主资料、出入库管理、库存管理、财务管理、温湿度管理、供应链管理等等；硬件设备通常包括手持终端设备、AGV、自动码垛机等等，其中手持终端设备是系统重要的一个组成部分，通过手持终端，冷库现场作业将更加简便。
第三方冷库管理系统的应用场景如下： 1、冷链物流园区、农贸批发市场等交易型冷库。2、农产品等生产加工自用型冷库。3、第三方冷链仓储、配送中心、中央厨房等周转形冷库。