复合碳源的B/C转化率也是影响使用效果的重要指标，复合碳源的转化率较高为0.8，乙酸钠0.67，葡萄糖0.62，较高的转化率意味着相同的COD当量反硝化效率更高。
复合碳源乙酸钠：易于被反硝化菌利用，脱氮效果好，但价格较为昂贵，污泥产率较高，增大污水厂的后续污泥处置。
复合碳源葡萄糖脱氮效果不错，但易于引起细菌大量繁殖，导致污泥膨胀，影响出水水质，且容易产生亚硝态氮积累现象。
