双轴数控深孔机床装夹刀具时，须先将旋转夹头里的灰尘及杂物清理干净，把卡头装入压帽内并放正，再一起装到电机主轴上并将刀具插入卡头，然后再销紧压帽。上下刀松紧压帽的时候严禁采用推拉方式而须用旋转方式。下刀时应先清理压帽和转上的废屑，松开压帽将刀具拿下再拧下压帽拿出卡头。
双轴数控深孔机床加工过程中，注意观察后部磁排屑机出屑情况，以做及时判断。因为整个加工状态为封闭式，可根据铁屑状态对切削参数做出及时调整。
双轴数控深孔机床深孔钻削时,散热和排屑困难，且因钻杆细长而刚性差，易产生弯曲和振动。一般都要借助压力冷却系统解决冷却和排屑问题。