肠胃镜结束对身体一般不会造成太大影响，传统胃镜对身体所造成的常见的损伤就是损伤食道和胃粘膜。无痛胃镜有时会出现恶心等副作用。如果感觉身体不适，一定要尽快就医！
肠胃镜在进行的时候是用一根软管通过咽喉进入到胃部，而这个软管的质地并不会特别的硬，不会对食管黏膜以及胃黏膜造成损伤，所以患者不用过于担心，只要患者在进行胃镜检查的时候选择医生，就能够降低胃镜所带来的不适感。
肠胃镜检查前一天晚饭后不能进食，检查当天早晨不能喝水；检查前一天不能抽烟，以免因为咳嗽而对检查造成影响；开始检查时导管放入时应配合一个吞咽的动作使其顺利进入食管；检查应有成年亲友陪伴。