水利集装箱也可用于运输特殊货物，如化学品和葡萄酒制品。在过去，人们通常用罐装载这些特殊货物，但随着集装箱加工技能的提高，集装箱形成一般罐和结构两部分结构，集装箱外壁采用保湿数据，内壁抛光，使水利集装箱也能完成罐的输入输出功能。
与台式集装箱相比，一些水利集装箱简化了规划结构，只保留了底板，可用于装卸严重货物。例如，严重的机械设备、严重的钢材等。由于这些严重的货物的长度、宽度和高度都很大，因此需要特殊的集装箱平台结构来包容装卸。
水利集装箱的应用改写了人们对集装箱应用的固有印象。目前，许多流行的水利集装箱已应用于生产和运输，如运输冷冻食品、运输特种货物、装卸严重货物等。