Pfeiffer分子泵的清理十分关键，假如前面泵没有问题，而真空泵在要求的時间内沒有做到要求的真空值，在清除漏汽的状况下，表明分子泵內部脏化了，就必须开展清理。分子泵的清理分成立即开展清理和拆装清理，前面一种适用內部不太脏，后面一种用以內部比较严重脏化。
Pfeiffer分子泵常常选用立即清理，其方式以下:(1)关闭分子泵，开展排气管。(2)从机器设备上当心卸掉分子泵，留意不必遇到插口的边沿一部分，以防危害密闭性。(3)卸掉冷却塔、润滑脂包等。(4)将分子泵的高真空泵插口朝下，竖直地方人一个盛满没有水酒精的器皿中，液位高宽比略低前面真空泵插口。
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