有机肥料对维持机体内环境稳态和调节发育过程中的体内天然的合成、释放、转运、代谢、结合和效应造成严重影响的一类外源性物质。可以是天然的，也可以是人工合成的。如邻苯二甲酸酯类、有机氯杀虫剂等。
有机肥料海洋生物是海水环境和沉积环境污染的直接受害对象，并且海洋环境中的污染物对海洋生物质量的影响具有累积作用，其体内的污染物含量反映了其生存环境的质量，可食用底栖生物质量的好坏对人体健康更是有着直接的影响。目前，我国海洋生物质量状况并不乐观，主要表现为：海洋生物结构失衡，濒危物种减少；主要经济生物体内有害物质残留量偏高；沿岸经济贝类卫生状况欠佳。
有机肥料化肥污染 过量施用化肥而引起水体、土壤和大气的污染。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NO3—N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。