冷链仓库管理系统具有欠费限额功能，企业可以在系统中设定欠费限额上限，如2000元，当货主欠费金额达到2000元时，系统会自动禁止该货主的货品出库，减少冷库的损失，直到货主缴清款项后才能恢复正常。
冷链仓库管理系统具有库位平面图功能，平面图上会显示每个仓位的使用率，存放了多少板多少件货品等，库容使用率0%的仓位会用绿色标亮，0%~100%之间则用黄色，超过100%则用红色警示。通过这个功能，冷库库位管理更简便了。
冷链仓库管理系统内嵌多种算法，可灵活计算货主的冷藏费用与其他费用，支持包仓与零仓等多种计算方式，也可自定义收费标准与自定义收费。