BF-1T20支气管镜消毒的方式有手工消毒和全自动清洗消毒机消毒。全自动清洗消毒机消毒较手工消毒更简便、有效和标准，消毒效果不易受人为因素影响。
BF-1T20支气管镜当天全部检查完毕，除按术后常规清洁、消毒后，还要用75%的酒精冲洗管道，75%的酒精溶液有预防假单胞菌属速干功能。将内管道吹干，镜身用75%的酒精纱布擦拭干净，放入镜柜内贮存。
BF-1T20支气管镜消毒时选用杀菌谱广、有效浓度低、性能稳定、易溶于水，对肌体无害及对内镜无损伤的消毒剂，临床常用的为20%的戊i二醛溶液。将内镜侵入消毒液中，操作吸引按钮，连续吸引30s，使消毒液流经境内的全部管道，并浸泡15min, 以达到充分灭菌。