高真空涡轮分子泵内有一个高速旋转（每分钟几万转）的转子，转子上有涡轮和拖动级进行抽气。
在高真空涡轮分子泵刚刚开始工作的阶段，由于有大量的气体由进气口被抽到排气口，所以这种返流对实际抽速带来的影响不是很大，而随着进气口压力的下降，分子泵抽下来的气体量在减少，这时，气体返流对抽速的影响也就大起来了。这就是分子泵对小分子气体，特别是氢气的抽气能力较差的原因。
对于高真空/超高真空系统，当系统内的压力低于10-6毫巴以后，系统内氢气占的比例越来越大，而此时氢气的返流也越来越明显，因此此时分子泵的有效抽速已经与产品说明书给出的参数相差很大了。分子泵对氢气的压缩比越大，分子泵对氢气的实际有效抽速就越大；反之，则实际有效抽速已经所剩无几。