电子内窥镜消毒的过程：①把整支电子内窥镜放入消毒液中。②用注S射器把消毒液注入所有管道，直至没有气泡冒出。③将内镜的附件和清洗工具留在消毒液中。④结束后，先用注S射器在管道内注入空气，排出多余消毒液，再取出内镜
内镜是一种直接与人体接触的设备，使用完镜子后要经过严格清洗消毒的环节，这些步骤都会由于外力的影响损伤到内镜，导致内镜外皮或内管穿孔，水进入内镜内腔后会严重影响到内部的机械、光学和电子部分的装置，导致内镜无法使用。
电子内窥镜的保存：在电子内窥镜保存之前，要先确认内镜表面和所有管道完全干燥。由于残留水分可帮助空气中的细菌在内镜内外繁殖增S生，造成内镜污染。在这特别要强调的是手提箱内的环境不宜用作保存清洗和消毒后的内镜，干净的内镜应该垂直挂放在干燥，温度适中的地方。