柴油双缸在满足小型柴油发电机组排气管背压限制的前提下，建议整个小型柴油发电机组排气系统管路的公称直径应尽可能与发动机排气口一致。禁止使用直径小于排气口的管道，因为较厚的管道更容易受到冷凝腐蚀，扩大废气排放，导致功率损失。排气系统管径变化越小，摩擦损失越小。所有和排气管均应隔热，以避免意外接触火灾或自动灭火设备误启动，从而减少机组室内的冷凝腐蚀和热辐射。
柴油双缸按需启动小型柴油发电机组并机：在自动模式下，当发电机组接收到启动信号后，优先级高的（可设定）机组自动启动，同时机组的控制器内部程序判断负载与设定的值进行比较，如大于单台额定功率的75%（可调）时，次优先级控制器得到启动信号，启动机组，同步并机，负载均分，负载增大时如上加列机组。当负载减小至单台机组额定功率的75%（可调）以下时，次优先级控制器内部发出解列信号，机组按设定时间冷却运转，结束分闸停机。当带载的发电机组出现故障停机时，其它次优先级机组自动运行，并带载。
柴油双缸小型柴油发电机组的柴油雾化不良，当温度降低时，会导致柴油结蜡，等级和温度不匹配，喷油时雾化不良，无法启动发电机组。解决这一问题的方法是根据当天的低温度和其他条件选择合适的柴油等级。高油粘度，该问题与柴油雾化问题相同。建议选择符合问题和条件的机油，或加装水套加热器加热机油和其他液体，避免小型柴油发电机组启动困难的问题。