水利集装箱是一种特殊的集装箱类型，通常是专门为了满足特定的功能而制造的。例如，用于运输冷冻食品的水利集装箱的内部结构相当于低温冰箱。许多人也称之为冷藏集装箱。它配备了隔热装置，并有专门的通风口运输空调，以确保鱼、虾、肉和新鲜水果在长途运输中仍然新鲜。
水利集装箱的使用寿命一般在10年左右，所以对于集装箱生产厂家来说，对集装箱配件的产品材料选择和检验有很强的要求。
水利集装箱的应用改写了人们对集装箱应用的固有印象。目前，许多流行的水利集装箱已应用于生产和运输，如运输冷冻食品、运输特种货物、装卸严重货物等。