目的蛋白带负电荷，和树脂发生离子交换，目的蛋白被挂在柱上，杂蛋白穿透，在洗脱，这样目的蛋白就得到了分离，其实主要利用的是蛋白的两1性点解，缓冲液的ph与等电点的关系
糖液脱色常使用强碱性阴离子树脂，它对拟黑色素(还原糖与氨基酸反应产物)和还原糖的碱性分解产物的吸附较强，而对焦糖色素的吸附较弱。这被认为是由于前两者通常带负电，而焦糖的电荷很弱。通常，交联度高的树脂对离子的选择性较强，大孔结构树脂的选择性小于凝胶型树脂。这种选择性在稀溶液中较大，在浓溶液中较小。
树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.阴离子交换树脂吸附糖以后为什么会变色。阴离子交换树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.