冷链仓库管理系统具有欠费限额功能，企业可以在系统中设定欠费限额上限，如2000元，当货主欠费金额达到2000元时，系统会自动禁止该货主的货品出库，减少冷库的损失，直到货主缴清款项后才能恢复正常。
（1）在冷链仓库管理系统的应用下，可以按照一定的规则对冷库现有面积进行合理划分区，为每个区域每个库位贴上特定的条码标签，然后在系统上录入相关数据，方便日后库位维护和管理。（2）在上架作业中，冷链仓库管理系统会根据冷库设定的上架策略，为上架员指引较为合适上架的库位，避免人工误判导致商品无序摆放。上架时，上架员只需扫描商品的条码与库位的条码，即可完成二者之间的绑定，方便日后的找货下架。（3）在下架作业时，冷链仓库管理系统会按照冷库企业设置的策略，为作业人员提供商品具体的位置，缩短人员行走的距离，减少人工寻找的时间，提升作业的效率，降低人力成本的使用。
冷链仓库管理系统内嵌多种算法，可灵活计算货主的冷藏费用与其他费用，支持包仓与零仓等多种计算方式，也可自定义收费标准与自定义收费。