三段式止水螺杆与五段式止水螺杆的区别其实就是在工程要求上面，根据不同的要求选择不同的螺杆，工程要求高的清水墙使用五段式止水螺杆，普通的剪力墙、人防墙可以使用三段式止水螺杆，三段式止水螺杆在工程中使用的更为普遍。
三段式止水螺杆主要是用在剪力墙、地下室，水池等需要防水的地方，且要求规格相对来水较高的，三段式止水螺杆的优势在于可拆卸，外杆可重复使用，对模板的损害较小；拆卸后墙体会留下一个锥形小坑，容易填补。五段式止水螺杆的用在清水墙、图书馆等规格要求更高的地方，五段式止水螺杆为镀锌螺杆，在标准规格上使用，使用后墙体上会留下一个非常小的小坑，使用后螺杆和连接母都可以轻松拆除。
三段式止水螺杆与五段式止水螺杆的共同点在于止水防水，止水效果都是比较好的，不同的区别就在于三段式止水螺杆可以分为三部分，而五段式止水螺杆是由五段组成，价格方面相对较高。