三轴桩机就位后，要对钻机极其配套设备，进行检查，如卷扬机、钢丝绳、钻头、泥浆泵、水泵及电气设备等设备是否完好正常；钻机安设必须平稳、牢固，钻架应加设斜撑或缆风绳。钻机平台和作业平台，特别是水上钻机平台应搭设坚固牢靠，并满铺脚手板，设防护栏杆、走道。杂物及障碍物应及时清除。
三轴桩机使用正、反循环钻孔时，对电缆要严格检查，当滑移钻台时应防止挤压电缆及同水管路。作业中，发现电缆破损要立即处理，钻进速度应根据地质变化，加以控制。
三轴桩机钻孔过程中，必须设有专人，按规定指标保持孔内水位的高度及泥浆的稠度，以防塌孔，钻孔使用的泥浆应设置泥浆循环净化系统，防止对环境的污染。