芹菜靶斑病是由黄瓜靶斑病菌——半知菌的棒孢菌引起的病害，温暖、高湿有利于发病。黄瓜靶斑病又称“黄点子病”，起初为黄色水浸状斑点，直径约1毫米左右。发病中期病斑扩大为圆形或不规则形，易穿孔，叶正面病斑粗糙不平，病斑整体褐色，中央灰白色、半透明。后期病斑直径可达10~15毫米，病斑中央有一明显的眼状靶心，湿度大时病斑上可生有稀疏灰黑色霉状物，呈环状。可使用“靶班一号”进行预防治疗。
芹菜根腐病是一种真菌引起的病，该病会造成根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，后期全株枯萎，主要表现为整株叶片发黄、枯萎。发病时间一般多在3月下旬至4月上旬，5月进入发病盛期。作物根腐病可使用“苦蔘硫磺根之盾”进行预防治疗。
芹菜番茄溃疡病又称萎蔫病、细菌溃疡病，是由密执安棒菌番茄溃疡病致病菌侵染所引起的、发生在番茄上的病害。番茄溃疡病是一种维管束系统病害， 病株从幼苗到坐果期都可发生萎蔫， 大田定植后造成缺株断垄。病菌可通过维管束侵入果实，造成果实皱缩、畸形，由外部侵染果实引起“鸟眼状”斑点，影响番茄的产量和质量，危害十分严重。可使用“苦蔘硫磺春浓”进行预防治疗。