排污许可证目前采用的是网上申领的方式，填一些表、传一些资料，只要符合条件，通过审查就能拿到证，程序并不复杂。但是问题来了，排污许可证是不是发完就了事了呢？不存在的！这就是为什么企业要严格按照排污许可证排污，不得超标、超总量的原因。查出问题之后不仅会撤销你的许可证，还可能视情节严重的程度对你进行处罚，现在有多个省市针对排污许可证后续问题，开展了拿证后监督检查。
为较好的判断污染治理措施发生变化后环境影响变化情况，环保部门将依据排污许可证推进时间进度安排，按行业逐步出台各行业污染治理佳可行技术指南，如果企业治理措施的变化均在可行技术范围内，且不新增污染物种类，则认为其污染物排放量在允许范围内，无需申请变更排污许可证；如不在此范围内，企业需要提供证明材料和监测数据，并向环保部门申请变更排污许可证。
环保部门在核发许可证之前应结合管理要求和政府部门掌握的情况，对申请材料进行认真审核。审核主要包括以下几个方面：一是申请排污许可证的企事业单位的生产工艺和产品不属于国家或地方政府明确规定予以淘汰或取缔的；二是申请的企业不应位于饮用水水源保护区等法律法规明确规定禁止建设区域内；三是有符合国家或地方要求的污染防治设施或污染物处理能力；四是申请的排放浓度符合国家或地方规定的相关标准和要求，排放量符合相关要求，对新改扩建项目的排污单位，还应满足环境影响评价文件及其批复的相关要求；五是排污口设置符合国家或地方的要求等。