特种集装箱是一种特殊的集装箱类型，通常是专门为了满足特定的功能而制造的。例如，用于运输冷冻食品的特种集装箱的内部结构相当于低温冰箱。许多人也称之为冷藏集装箱。它配备了隔热装置，并有专门的通风口运输空调，以确保鱼、虾、肉和新鲜水果在长途运输中仍然新鲜。
定制特种集装箱具有基本的防腐、防水、防火能力，其材料重量轻，提供更方便的运输和处理，采用拼接安装结构，可将标准部件运至现场安装，组装过程不需要设备，是劳动力成本节约。
特种集装箱经常用于特殊产品的运输和严重的设备运输。这使得许多特种集装箱在销售市场上越来越受欢迎。它们是具有较高应用价值的运输和存储工具。