冷库管理系统支持多种计费方式，可按零仓计费也可按包仓计费。其中零仓计费支持按吨、按板、按件等多种方式计费，包仓计费支持按天、按月等多种周期计费。同时也支持自定义收费如增值服务费等，可自定义收费标准。费用自动实时计算，随时可以结转，并生成相应的费用清单和结算报表，便于收款。
冷库管理系统的作用如下： 1、提升仓储效率第三方冷库企业之所以会出现上述问题，主要还是因为使用纯人工的方式来完成仓库各环节的作业，没有系统的管理体系，缺乏信息技术的协作。而应用了标领第三方冷库管理系统，可以实行一物一码，实现库内精细化管理；同时，通过系统指引协助人员作业的方式，规范作业的流程；另外，日常的开单、入库、出库等作业都通过PDA扫描操作完成，既能减少作业失误，提升效率，又能准确采集作业数据，实时更新到系统中。系统还能根据采集而来的数据，自动生成丰富的数据报表和图形报表，满足冷库企业可视化管理的需求。2、灵活、快速、准确计费计费是冷库企业经营的难点。由于冷库企业的货主多，计费方式各不相同，计费的难度也相应增加。而标领第三方冷库管理系统，可以帮助冷库企业灵活、快速、准确计费。系统支持按照仓管费、理货费、跟单费、增值服务费等多类别不同规则开单。同时，计费又可细分到按吨、件、板等多种计算模式。在收费上，也可以自定义服务收费标准，当货物入库存放或有包仓单时，系统将按照设定的收费标准自动进行计算。
冷库管理系统免费的冷库管理软件内存小，功能简单。但弊端也挺明显的：免费的冷库管理软件，通常不会有技术团队去维护，在使用过程中，如果出现什么BUG，导致数据录入错误，很难找得到解决办法，不仅影响工作的效率，还会因为一些肉眼难以发现的错误，导致经济损失。另外，如果免费版冷库管理软件是联网的，还会存在数据安全隐患，给企业带来风险。 与免费的冷库管理软件不同，付费版的冷库管理软件有着强大完善的功能，每个功能模块的分支都能适用于冷库作业，能够满足冷库企业绝大部分的需求；而且付费版的冷库管理软件的数据准确率也非常高，通常都是通过扫描录入，出错率低，还能智能计费，生成多种数据报表；付费版的冷库管理软件还支持与企业其他如SAP等系统的对接，能够集成多个外部系统，提升企业的综合管理水平。此外，付费版的冷库管理软件背后通常都会有技术团队维护，出现问题可以及时解决，如果冷库企业有二次开发的需求，也可以满足。