无风扇工控机防止瞬时断电，瞬时断电又突然来电往往会产生一个瞬间极高的电压，很可能“烧”坏电脑，电压的波动(过低或过高)也会对电脑造成损伤。因此，应尽量配备电源。另外，还应防静电、防雷击。
无风扇工控机插槽内不能积灰尘，否则会导致接触不良，甚至短路。插槽内的金属脚是否对齐，有无弯曲，否则影响板卡在系统中的运行，会因此出现开机不显示、板卡找不到、死机等各种现象。
无风扇工控机要给工控机箱一个平稳的工作环境。如当机器对磁盘或硬盘进行读写操作时出现震动，驱动器会严重磨损或导致硬盘损坏。如果要靠墙放置，距离墙壁至少应有的间隙，以保证散热良好，否则，会导致元器件加速老化。