冷库管理系统支持多种计费方式，可按零仓计费也可按包仓计费。其中零仓计费支持按吨、按板、按件等多种方式计费，包仓计费支持按天、按月等多种周期计费。同时也支持自定义收费如增值服务费等，可自定义收费标准。费用自动实时计算，随时可以结转，并生成相应的费用清单和结算报表，便于收款。
冷库管理系统具有策略功能，通过灵活设置出入库策略，可以实现智能出入库：如设置了先进先出的出库策略，在出库时，系统就会优先建议人员对先入库的商品进行出库操作，并显示该商品的所在位置；如设置了按ABC分类的上架策略，而在入库上架时，系统就会按照ABC分类原则，给出合适的上架库位建议。除此以外，考虑到租赁型冷库和第三方冷库的服务性，冷库管理系统还实现了货主预约出入库功能。冷库的货主只需登录自己的系统账号进行出入库预约即可减少出入库等待时间。
冷库管理系统免费的冷库管理软件内存小，功能简单。但弊端也挺明显的：免费的冷库管理软件，通常不会有技术团队去维护，在使用过程中，如果出现什么BUG，导致数据录入错误，很难找得到解决办法，不仅影响工作的效率，还会因为一些肉眼难以发现的错误，导致经济损失。另外，如果免费版冷库管理软件是联网的，还会存在数据安全隐患，给企业带来风险。 与免费的冷库管理软件不同，付费版的冷库管理软件有着强大完善的功能，每个功能模块的分支都能适用于冷库作业，能够满足冷库企业绝大部分的需求；而且付费版的冷库管理软件的数据准确率也非常高，通常都是通过扫描录入，出错率低，还能智能计费，生成多种数据报表；付费版的冷库管理软件还支持与企业其他如SAP等系统的对接，能够集成多个外部系统，提升企业的综合管理水平。此外，付费版的冷库管理软件背后通常都会有技术团队维护，出现问题可以及时解决，如果冷库企业有二次开发的需求，也可以满足。