水利集装箱是一种特殊的集装箱类型，通常是专门为了满足特定的功能而制造的。例如，用于运输冷冻食品的水利集装箱的内部结构相当于低温冰箱。许多人也称之为冷藏集装箱。它配备了隔热装置，并有专门的通风口运输空调，以确保鱼、虾、肉和新鲜水果在长途运输中仍然新鲜。
定制水利集装箱具有基本的防腐、防水、防火能力，其材料重量轻，提供更方便的运输和处理，采用拼接安装结构，可将标准部件运至现场安装，组装过程不需要设备，是劳动力成本节约。
水利集装箱的应用改写了人们对集装箱应用的固有印象。目前，许多流行的水利集装箱已应用于生产和运输，如运输冷冻食品、运输特种货物、装卸严重货物等。