分子泵的高真空端应做好保护措施避免运转时暴露大气而导致泵直接损坏。
磁场会对运行中的分子泵的转子产生涡电流,这会加热转子并使其迅速过热,如果这些值过高,则必须对泵进行屏蔽。如果已知磁场的分布情况,则必须对其进行重新部署。
在存在不同强度和持续时间的中子和伽马辐射的情况时,这种辐射破坏安装在泵上的电子驱动器和变频器,在这种情况下,必须使用连接电缆将电子驱动器安装在远离辐射的安全距离上。