嵌入式工控机插槽内不能积灰尘，否则会导致接触不良，甚至短路。插槽内的金属脚是否对齐，有无弯曲，否则影响板卡在系统中的运行，会因此出现开机不显示、板卡找不到、死机等各种现象。
嵌入式工控机硬盘：不要随意拆卸硬盘，避免振动、挤压。尽量不要在硬盘运行时关闭计算机电源，这样突然关机会导致硬盘磁道损坏，数据丢失。不要随意触动硬盘上的跳线装置。搬运时一定要用抗静电塑料袋包装或用海绵等防震压材料固定好，经常检查病毒，以防侵蚀。在操作系统中有节能功能时要尽量合理使用，以延长硬盘使用寿命。
嵌入式工控机防止瞬时断电，瞬时断电又突然来电往往会产生一个瞬间极高的电压，很可能“烧”坏电脑，电压的波动(过低或过高)也会对电脑造成损伤。因此，应尽量配备电源。另外，还应防静电、防雷击。