工程档案整理的内容主要包括对档案文件的内容真伪的鉴别，对档案内容客观性的考证及编纂出版档案史料等活动。档案实体整理，主要是将零散的和需要进一步条理化的文件或档案，进行基本的分类、组合、排列、编目，组成有序的档案整体的工作过程。通常所说的档案整理，主要指档案的实体整理。
“如何进行工程档案整理呢：1、首先，准备整理档案的工具和材料，工具如图，材料主要有履历材料、教育培训情况、工作经历材料、奖惩材料。 2、审核要入档的材料，并按如下流程整理材料。 3、第三步，将要入档的材料规整好，编上页码，然后靠右打孔。 4、第四步，装入档案盒。将要入档的材料用分类角分类，并按照不同的类别规整转入档案盒。 5、第五步，为档案材料建立目录。目录可分大类和小类，并写好每份材料的页码。 6、档案要定期增加材料。如每年的绩效考核记录、奖惩记录、教育培训情况等等。 7、档案要存入独立且安全性好的房间，并委派专人管理。
“工程档案整理的基本要求 归档材料应当齐全、完整、优化 齐全是指门类齐全，不论是内容还是载体 完整是指归档的材料要完整、不缺损 优化是指仅在数量充分的基础上要求质量优化，具有特色 加强档案调查和指导 保持全宗不可分散性 加强档案工作的标准化“