热水空气热交换器内部有热交换系统、动力系统、控制系统、过滤系统等几个部分。热交换系统主要是用于实现设备内的气体流通，通过室内外温度的差异来进行了气体的热量交换，从而使室内温度得以降低。室外空气经过净化之后，从管道中进入系统内进行换热作用，然后再经过排风口排到室内空气中，室内空气在侧风机的作用下，通过管道进入装置中进行换热处理。
热水空气热交换器的动力系统主要由降噪音风机构成，它主要是为了实现内部空气的循环与流通，将过滤净化后的室外新鲜空气输入室内，同时，把过滤热交换处理后的室内有害气体排出室外。
对于用在干燥行业的热水空气热交换器通常是采用的密闭循环换热，热水空气热交换器中的空气不会完全的与外部环境接触。只有热空气中的湿度达到相应的程度，需要进行补充干冷空气的时候才会引入部分的环境空气，一般只会引进20-30%的空气量，引入的这部分空气温度会比较低，会和热水空气热交换器中的湿热空气相结合，使空气的温度和湿度同时下降。