若用离子交换层析分离物质，以蛋白质为例，离子交换层析中，基质是由带有电荷的残农吸附树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点，当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同。
残农吸附树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.阴离子交换树脂吸附糖以后为什么会变色。阴离子交换树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.
目的蛋白带负电荷，和残农吸附树脂发生离子交换，目的蛋白被挂在柱上，杂蛋白穿透，在洗脱，这样目的蛋白就得到了分离，其实主要利用的是蛋白的两1性点解，缓冲液的ph与等电点的关系