常见有气、水管路堵塞，或似堵非堵，而不畅通，应按原理分别进行检查。一般常见的有水、气同时不通，十二指肠镜维修时可用细钢丝边通边送气，然后用送水的方法排除故障。但须注意，通后还要压扁喷嘴。
十二指肠镜维修时导光接头不能在主机开启时拔出或插入， 电子接点在不完全对准时不能进行旋转，易导致 CCD 损坏。
十二指肠镜维修时注意胃肠镜先端部的保护，避免意外硬物的碰撞，造成先端盖玻璃片的裂痕、缺失、破碎。
