若用离子交换层析分离物质，以蛋白质为例，离子交换层析中，基质是由带有电荷的残农吸附树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点，当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同。
残农吸附树脂交换器 又叫阴床,作用是用阴树脂中的氢氧根交换掉水中的其他阴离子.离子交换器分为：钠离子交换器、阴阳床、混合床等种类,.离子交换柱(器)外壳一般采用硬聚(PVC)、硬聚复合玻璃钢(PVC-FRP)、有机玻璃(PMMA)、有机玻璃复合透明玻璃钢(PMMA-FRP)、钢衬胶(JR)、不锈钢衬胶等材质.
目的蛋白带负电荷，和残农吸附树脂发生离子交换，目的蛋白被挂在柱上，杂蛋白穿透，在洗脱，这样目的蛋白就得到了分离，其实主要利用的是蛋白的两1性点解，缓冲液的ph与等电点的关系