惠州冷库管理系统支持多种计费方式，可按零仓计费也可按包仓计费。其中零仓计费支持按吨、按板、按件等多种方式计费，包仓计费支持按天、按月等多种周期计费。同时也支持自定义收费如增值服务费等，可自定义收费标准。费用自动实时计算，随时可以结转，并生成相应的费用清单和结算报表，便于收款。
惠州冷库管理系统免费的冷库管理软件内存小，功能简单。但弊端也挺明显的：免费的冷库管理软件，通常不会有技术团队去维护，在使用过程中，如果出现什么BUG，导致数据录入错误，很难找得到解决办法，不仅影响工作的效率，还会因为一些肉眼难以发现的错误，导致经济损失。另外，如果免费版冷库管理软件是联网的，还会存在数据安全隐患，给企业带来风险。 与免费的冷库管理软件不同，付费版的冷库管理软件有着强大完善的功能，每个功能模块的分支都能适用于冷库作业，能够满足冷库企业绝大部分的需求；而且付费版的冷库管理软件的数据准确率也非常高，通常都是通过扫描录入，出错率低，还能智能计费，生成多种数据报表；付费版的冷库管理软件还支持与企业其他如SAP等系统的对接，能够集成多个外部系统，提升企业的综合管理水平。此外，付费版的冷库管理软件背后通常都会有技术团队维护，出现问题可以及时解决，如果冷库企业有二次开发的需求，也可以满足。
惠州冷库管理系统标领智能冷库管理系统，又可称为冷库租赁管理系统，是一套为冷库租赁企业或其他第三方冷库企业、第三方冷链物流公司、中央厨房等研发的仓储管理计费系统。通过这个系统可以细化冷库仓储的管理，减少人工犯错的几率，提升仓储作业的效率与准确性，还能快速准确地计算冷藏存储的费用，并生成各种可视化图表与其他业务报表，满足冷库企业的管理需求。