若用离子交换层析分离物质，以蛋白质为例，离子交换层析中，基质是由带有电荷的树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点，当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同。
树脂由于再生液中色素的浓度比糖汁中高 10 倍以上，液体数量较小，没有糖液的粘性，并能容许强烈的条件如强碱性和高温等而无需顾虑糖的分解，用化学处理比较方便。再生液加入 5～10% 容积的石灰乳 ( 浓度为含CaO100g/ l ) ，加热到60℃并轻微搅拌，大量的有色物沉淀析出
树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.阴离子交换树脂吸附糖以后为什么会变色。阴离子交换树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.