目的蛋白带负电荷，和除苯树脂发生离子交换，目的蛋白被挂在柱上，杂蛋白穿透，在洗脱，这样目的蛋白就得到了分离，其实主要利用的是蛋白的两1性点解，缓冲液的ph与等电点的关系
除苯树脂由于再生液中色素的浓度比糖汁中高 10 倍以上，液体数量较小，没有糖液的粘性，并能容许强烈的条件如强碱性和高温等而无需顾虑糖的分解，用化学处理比较方便。再生液加入 5～10% 容积的石灰乳 ( 浓度为含CaO100g/ l ) ，加热到60℃并轻微搅拌，大量的有色物沉淀析出
糖液脱色常使用强碱性阴离子树脂，它对拟黑色素(还原糖与氨基酸反应产物)和还原糖的碱性分解产物的吸附较强，而对焦糖色素的吸附较弱。这被认为是由于前两者通常带负电，而焦糖的电荷很弱。通常，交联度高的除苯树脂对离子的选择性较强，大孔结构树脂的选择性小于凝胶型树脂。这种选择性在稀溶液中较大，在浓溶液中较小。