从设备的能耗和效率方面选择食品微波干燥杀菌设备：设备的能耗是与多方面因素相关的，比如：物料的出品率、电源质量、加工量等等。
从设备价格方面选择食品微波干燥杀菌设备:有些设备厂家就是采用了这种经营策略，低配置、便宜的价位来做的，孰不知设备是讲求实用的。所以买设备要讲究性价问题，而不能单纯的比价格，即使比价格也要同等配置、同等性能、同等质量的产品才能比其价格高低。品质不同价位不同，价格高低不是标准。
食品微波干燥杀菌设备选择时要在从冷却方式方面选择：由于在工作时微波源及其变压器会产生高温，要保障其正常的工作和寿命就需要对这些器件加以温度控制(也就是冷却、降温)。